Kovuşturma, iddianamenin kabulünden başlayarak kararın kesinleşmesine kadar geçen süreci ifade eder. Diğer bir deyişle kovuşturma, ceza hukukundaki yargılamadır. Bu yargılama, davanın açıldığı ilk derece mahkemesinde yapılan yargılamanın yanında, istinaf ve temyiz aşamalarını da kapsar.
Soruşturma evresinde toplanan delillere göre hakkında suç isnadında bulunulan kişi hakkında kovuşturma evresinde, kural olarak deliller değerlendirilerek, suçun oluşup oluşmadığı konusunda tartışılarak, sanığın suç işlediği kesin ve somut delillerle ispatlanması durumunda mahkumiyet hükmü verilir. Ancak uygulamada, bütün delillerin toplanmaması ya da bazı delillerin kovuşturma aşamasında ortaya çıkması ya da gündeme gelmesi sebebiyle, kovuşturma aşamasında da bir kısım delillerin toplanması gerekebilir.
Savcılık tarafından hazırlanan iddianamenin mahkemece kabulü ile başlayan kovuşturma evresinde, ilk iş duruşma hazırlığı yapmaktır. Dosyadaki taraflara göre; sanık, suça sürüklenen çocuk, mağdur, şikayetçi veya müştekiye ve varsa tanıklara tebligat çıkarılarak, ifadelerinin, beyanlarının ve şikayetlerinin alınması için duruşmaya çağrılır. Bundan ayrı gerekli görülürse, ilgili kurumlara müzekkere yazılabilir.
Kamu güvenliğini gerektiren istisnai haller ve suça sürüklenen çocuğun olduğu dosyaların dışında duruşma açık olarak yapılır. İlk önce sanığa üzerine atılı suç anlatılarak, hakları anlatılır. Kendi özel avukatı olmaması halinde, kendisine Kayseri Barosu'ndan bir avukat isteme hakkı olduğu hatırlatılır. Yaşı küçük, sağır, dilsiz ve meramını anlatamayacak durumda olan sanık ve müştekilere istemi aranmaksızın Kayseri Barosu'ndan avukat atanır. Ayrıca sanığa yüklenen suçun cezasının alt sınırı beş yıldan fazla hapis cezasını gerektiriyorsa, yine sanığın istemi aranmaksızın kendisine Kayseri Barosu'ndan avukat atanır.
Öncelikle sanığın ifadesi alınır ve ardından müştekinin şikayeti sorularak, varsa tanıklar dinlenir. Sonrasında cumhuriyet savcısına söz verilir. Toplanan deliller ve alınan ifade ve beyanların sonucunda araştırılacak bir şeyin kalmaması durumunda, mahkemece karar verilir. Sanığın veya suça sürüklenen çocuğun suçu işlediği kesin ve somut delillerle ispatlanmışsa, hakkında mahkumiyet hükmü verilir. Aksi halde, beraat kararı verilecektir. Çünkü ceza hukukundaki genel ilke şüpheden sanık yararlanır ilkesidir. Diğer bir deyişle, isnad edilen suçu işlediği kesin bir şekilde ispatlanmayan kişi hakkında ceza verilmesinin kabul edilemeyeceğidir.
Verilen karar kesin nitelikte bir karar olabileceği gibi, itiraza veya istinafa tabii bir karar da olabilir. Kesin nitelikte verilmiş karara karşı başvurulabilecek olağan bir kanun yolu yoktur. İtiraza tabii kararlar için itiraz yapılabilirken, istinafa tabii kararlar için bölge adliye mahkemesi nezdinde kanun yoluna başvurulur. Nihai karara yapılan itirazı bir üst mahkeme inceleyip karar vermesi sebebiyle, inceleme kısa bir süre içerisinde yapılarak sonuç alınır.
İstinaf kanun yoluna başvurulan karar hakkında yapılacak inceleme, daha uzun bir süreci gerektirmektedir. Bölge adliye mahkemesince yapılan inceleme sonucunda ilk derece mahkemesince verilen karar bozularak mahkemesine gönderilebileceği gibi, ilk derece mahkemesinin kararı kaldırılarak bölge adliye mahkemesince yeni bir yargılama yapılıp, yeni bir karar da verilebilir. Bölge adliye mahkemesince kararın bozularak ilk derece mahkemesine gönderilmesi halinde, bu karara karşı direnilemez ve bozma sebebi doğrultusunda yeni bir karar verilir. Bölge adliye mahkemesince verilen sonuç karar kesin nitelikte ise, başvurulabilecek olağan bir kanun yolu yoktur. Temyiz edilebilen bir karar ise, temyiz başvurusu ile Yargıtay'da dosya yeniden incelenir. Temyiz incelemesi sonucunda karar hukuka uygun bulunmazsa bozulur, uygun bulunursa karar onanır ve başvurulabilecek olağan kanun yolu tükenerek, karar kesinleşir.
İddianamenin kabul edilerek kamu davasının açıldığı andan, kararın kesinleştiği ana kadar geçen süreç, kovuşturma evresini oluşturur. Kovuşturma asliye ceza mahkemesi, ağır ceza mahkemesi, çocuk mahkemesi, çocuk ağır ceza mahkemesi ve fıkri ve sınai haklar ceza mahkemesi tarafından yapılır. Birçok şehirde fıkri sınai haklar ceza mahkemesi ve çocuk ağır ceza mahkemesi bulunmamaktadır. Bulunmayan yerlerde asliye ceza ve ağır ceza mahkemeleri görevlidir. Kayseri de ağır ceza mahkemesi ve asliye ceza mahkemesi bulunmakta, ancak diğer mahkemeler bulunmamaktadır. Sayılan mahkemeler dışında ayrıca sulh ceza hakimlikleri de ceza hukukuna ilişkin mahkemeler olmakla birlikte, bu mahkemeler soruşturma evresinde görev üstlenmiş olan mahkemelerdir. Soruşturma evresinde görev yapan bu mahkemelerin görev ve yetkileri, dosyanın görüldüğü Kayseri asliye ceza mahkemesi veya Kayseri ağır ceza mahkemesi tarafından yerine getirilir.